View Full Version : Sử dụng AM1, Các dẫn xuất axít benzoic
thanhatbu_13
12-18-2006, 10:32 PM
http://i65.photobucket.com/albums/h217/thanhatbu/trang1.jpg
http://i65.photobucket.com/albums/h217/thanhatbu/trang2.jpg
http://i65.photobucket.com/albums/h217/thanhatbu/trang3.jpg
http://i65.photobucket.com/albums/h217/thanhatbu/trang4.jpg
http://i65.photobucket.com/albums/h217/thanhatbu/trang5.jpg
http://i65.photobucket.com/albums/h217/thanhatbu/trang6.jpg
Đây có thể xem là 1 bài tập để củng cố thêm niềm tin! Các bạn có thể tập sử dụng phần mềm tính tóan lượng tử như Hyperchem để thêm đa dạng, cuốn hút trong học Hóa .
hi bạn thanhatbu_13
đọc bài của bạn chắc là bạn rành về Hyperchem lắm, hiện tại mình cũng đang dùng hyperchem để chạy chấy của mình. mính đọc tài liệu thấy nói chạy ở chế độ bán thực nghiệm AM1 hay PM3 cho mình kết quả ở trạng thái cơ bản (Ground). muốn tính ở trạng thái kích thích phải chạy ở chế độ ab initio có đúng không. bởi vì mình đang muốn tính band gap ( giữa HOMO va LUMO) ở trạng thái kích thích. mà cũng có một số ý kiến cho rằng Hyperchem chi chạy tham khảo, muốn độ tin cậy cao phải dùng gausian. không biết đúng khg?
Hi. Thay mặt mod mình xin trả lời câu hỏi của bạn.
Các phương pháp bán thực nghiệm như AM1, PM3, MNDO, ... đều là những phương pháp bán thực nghiệm, nghĩa là các tính toán của bạn phải thực hiện trên những phân tử mà thực nghiệm đã đo đạc các thông số của chúng hết rồi. Người ta sẽ dựa vào các kết quả đó để tiến hành đưa các tham số vào phương pháp. Sau khi tính toán bạn có thể so với kết quả thực nghiệm để kết luận phương pháp này có thích hợp hay ko.
Thực ra các phương pháp bán thực nghiệm có thể tính toán trạng thái kích thích nếu được tham số hóa. Do vậy nếu những chất của bạn không mới lạ và không quá đặc biệt thì bạn có thể chạy thử.
Các phần mềm khác nhau đều giống nhau ở các phương pháp bán thực nghiệm vì chúng tương đối đơn giản, bạn có thể chạy trên HyperChem đối với các phương pháp bán thực nghiệm. Nếu chạy DFT hoặc ab initio tôi khuyên bạn nên sử dụng Gaussian vì các thuật toán của nó được lập trình tốt hơn và được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu hơn.
thuydung
06-01-2008, 04:21 PM
Các phương pháp bán thực nghiệm nếu được tham số hóa tốt cho hệ nguyên tử cần tính thì sẽ có kết quả rất tốt, không nên xem thường các phương pháp này.
Không nên luôn luôn nghĩ rằng Gaussian thì chạy chính xác hơn Hyperchem. Mình nhớ là theo qui định của UIPAC thì tất cả các phần mềm hay các verson khác nhau của một phần mềm điều phải cho cùng một kết quả khi tính toán trên cùng một điều kiện tính toán(level/basis set), tiếc là mình không tìm lại được tài liệu hay này cho các bạn đọc.
Hyperchem chú trọng vào mảng giảng dạy nên không chú ý phát triển các phương pháp DFT hay ab initio vốn tốt khá nhiều thời gian tính toán. Giả sử chạy 1 job DFT mà mất 1 ngày thì làm sao sinh viên thực hành trên lớp nổi.
Gaussian phát triển các phương pháp ab initio (và cả DFT) khá tốt, có thề nói phần mềm này được xài khá nhiều bởi những người nghiên cứu chuyên nghiệp. Các thuật toán của Gaussian cũng được viết tốt hơn, optimization step của Gaussian cần 4 chuẩn hội tụ được thoã mãn trong khi Hyperchem chỉ có 1. Ngoài ra Gaussian được phát triển trên cả nền linux, chạy cả trên parallel lẫn multiprocessors system.
Một vấn đề hơi ngoài lề một chút là mình thấy một số bạn dịch chữ semi-empirical là bán kinh nghiệm là không chính xác, phải dịch là bán thực nghiệm. Kinh nghiệm có thể không cần đến kết quả thực nghiệm và chữ empirical gần nghĩa với chữ experimental hơn experiential. Lúc trước mình thấy nhiều người dịch chữ DFT là lý thuyết hàm mật độ, nhưng phải dịch đúng hơn là lý thuyết phiếm hàm mật độ. Khi nói đến phiếm hàm người đọc sẽ hiểu mật độ electron trong phương pháp DFT là một hàm, khi đó năng lượng của hệ là một hàm của một hàm mật độ, do vậy không thể bỏ qua chữ phiếm hàm được. Đây là ý kiến chủ quan của mình, bạn nào thích xài kiểu nào mình cũng hiểu cả.
trinhthanhthuat
06-13-2008, 05:54 PM
Nhận xét về Gaussian:
Dễ dùng, dễ cài đặt, quá phổ biến.
Nhược điểm: Chạy rất chậm và không được parallelize tốt.
Phải tốn tiền mua license.
Những phần mềm khác đáng chú ý và thay thế rất tốt cho gaussian :FREE và dùng để tính CHUYÊN NGHIỆP:
GAMESS-US, GAMESS-UK, PC-GAMESS: 3 soft này có cùng một gốc nhưng ngày nay đã tách ra khỏi nhau.
CPMD:
CP2K:gần giống CPMD, mới phát triển gần đây nhưng rất mạnh và đang được sự ủng hộ rất lớn của cộng đồng.
Còn một class các software khác chủ yếu phục vụ giảng dạy: Giao diện đẹp, làm tự động mọi thứ: Hyperchem, Spartan,....
Tất cả các tính toán lượng tử chuyên nghiệp đều chạy trên Linux,UNIX và được Parallel.
Cheers,
Các phần mềm này, ngoài Gaussian ra đều free, bạn có thể dễ dàng google và download.
Lưu ý, các package trên thường được sử dụng chạy trên Linux và Unix (hầu hết các phần mềm tính toán hiện nay đều chạy trên Linux, và người ta rất ít sử dụng các phần mềm chạy trên Windows). Do vậy, nếu muốn sử dụng, bạn phải biết 1 chút về cách sử dụng terminal và code của các HĐH Unix-liked.
thomun
02-22-2009, 09:55 PM
Các phần mềm này, ngoài Gaussian ra đều free, bạn có thể dễ dàng google và download.
Lưu ý, các package trên thường được sử dụng chạy trên Linux và Unix (hầu hết các phần mềm tính toán hiện nay đều chạy trên Linux, và người ta rất ít sử dụng các phần mềm chạy trên Windows). Do vậy, nếu muốn sử dụng, bạn phải biết 1 chút về cách sử dụng terminal và code của các HĐH Unix-liked.
Từ nhỏ đến giờ mình chỉ toàn xài Windows, mình ko rành Linux lắm, nhưng mình cũng muốn thử xài những phần mềm được giới thiệu ở trên, như GAMESS-US, GAMESS-UK, PC-GAMESS. Vậy mình phải làm sao? Và phần mềm Linux xài như thế nào? Cài như thế nào? Nếu laptop của mình đang chạy Windows bi giờ chuyển qua Linux có được ko? Và bộ nhớ của laptop có đủ để chạy mấy phần mềm đó ko? (cái desktop của nhà mình còn xư-ba-chao hơn nữa :021:)
Mong bạn hướng dẫn giùm mình.
Xin cảm ơn
cpha0702
12-17-2009, 12:25 AM
các bạn có tài liệu hướng dẫn cụ thể về sử dụng và chạy phổ với Gaussian không, cho mình xin nha! mình đang tự mò mẫm với đề tài này, trường Sư phạm không có dạy cách sử dụng Gaussian